「阿难啊!如果那些帝后、王妃、大子、王子、大臣、辅相、太监、宫女、百官及庶民百姓等，也为疾病所折磨，痛苦烦恼异常：或者是蒙受了别的灾难祸害的困厄，也应当造立起五色的神幡，点燃长明灯以求续命，再放生各式各样的有生命的物类，散发各式各样颜色的鲜花，焚烧各式各样名贵的供香，就能使得一切病痛最终得到解除痊愈，一切灾难得到摆脱消灭。」
这时候，阿难救问救脱菩萨说：「菩萨啊!为什么众生已经到了尽头的生命还可以得到延续增益呢?」
救脱菩萨回答道：「大德!你难道没有听如来曾经说过，有九种横死吗?所以他才劝说我们建造续命的长明灯和五色的神幡，并且修习各种善业，广求福德。由于修习福德，累积善业的缘故，所以直到寿命终结，人都不会再去经历痛苦，遭受灾难了。」
阿难又问道：「九种横死是怎么样的呢?」
救脱菩萨回答说：「首先，如果有这样的有情众生，得病虽然不是很严重危急，但却没有医生的诊断，得不到药物的治疗;或者，有些去看病的人，虽然有医生给予诊断疗治，但却给错了药，结果本不应当死的却死去了，这就是一种横死。另外又有一些人，相信世间的邪魔外道，妖孽巫师，听信他们胡说有祸有福的话，结果弄得自己心中惊惶失措，恐怖万分日夜忐忑不安。自己心中一旦丧失了平衡正见，便去请人看相算命，求签问卦，为追寻祸害的根源，甚至不惜杀害种种生命。他们还作法祭祀神灵，召请役使各种鬼魅魍魉，只为乞求福佑，大享平安，希冀能够延其寿命。殊不知，这种方法种就是不能如愿以偿的。愚昧无知，迷惑本性，信随邪魔，起倒乱见，使他终究遭受了横死之苦，沉沦于地狱之内，没有出离的日子，这便是第一种横死。」
「第二种横死，因为违犯王法而遭到刑律的诛灭杀戮。第三种横死，肆意打猎，嬉闹游乐，沉迷于淫欲之中不能自拔，嗜酒如命毫无节制，以至于邪鬼恶神趁机夺其精气而遭横死。第四种横死，遭受火灾焚烧而死。第五种横死，溺水淹没而死。第六种横死，被各式各样的凶猛恶兽啖食而死。第七种横死，即从悬崖断壁上墬落而死。第八种横死，遭受毒药、厌祷、咒诅、起尸鬼等中伤毒害而死。第九种横死，因为饥饿焦渴的煎熬困厄，得不到点滴饮食而渴饿横死。上面这些是如来简单略举的九种横死，其他的各种横死还有许多许多，实在难以一一细说呀。」
「还有呢，阿难!那阎罗法王主宰着世间一切众生的生死纪录簿。一切有情众生中，如果有那些子孙忤逆不孝的，还有破坏侮辱佛法僧三宝的，败坏君臣纲纪秩序的，违犯杀妄盗淫的根本性戒的，那么阎罗法王便会根据其所犯罪过的轻重加以审判拷问，量刑惩罚。因此我今天在这里劝告诸位有情众生，为了度过苦难厄运，免遭众多的灾祸，一定要点燃长明灯，建造无色神幡，供养那药师琉璃光如来，还要放生积善，广修福德，使一切灾难厄运消弭不再，以求平安欢乐。」
这时，在听佛说法的会众之中，有十二位药叉大将也各在会座之中。他们分别是宫毗罗大将、伐折罗大将、迷企罗大将、安底罗大将、额?罗大将、珊底罗大将、因达罗大将、波夷罗大将、摩虎罗大将、真达罗大将、招杜罗大将、毗羯罗大将。
这十二位药叉大将，各各领有七千名药叉作为部属。所有这些药叉同时举声向佛禀告：「世尊啊!我们今天承蒙佛陀您的神圣庄严的威力加被，得以听闻那世尊药师琉璃光如来的神圣名号，我们已经完全摆脱了对那可能轮回转生到三恶道去的结局的恐惧。我们一定要相互鼓励，同心协力，即使身体寿命都到了终结的那一天，也都要始终皈依佛法僧三宝;我们立誓要担负天下一切众生的苦难，为他们作种种义利之事，使其得到饶益安乐;无论在什么地方，无论在任何村邑、城镇、国家、及空闲的山间、林中，只要有此经流行传布，只要有人奉持那世尊药师琉璃光如来的名号并加以虔诚地供养的，我们以及我们所有的眷属，都会守护、保卫这个人，使他解脱一切苦难，如果他有什么愿望企求，都会使他得到一一满足;如果有人遭遇到疾病或者厄难而希望得到解脱的，也应该诵读『药师琉璃光如来本愿功德经』，并以五色的丝缕，把我们十二药叉大将的名字编织在丝缕结中，我们一定使他如愿以偿，使病痛痊愈，厄难解除，然后再解开丝缕结。」(佛学中的解厄法，可有二解：(1)以五色丝线结成十二药叉的名字(2)一边以丝线打结，一边称念十二药叉的名字)
这时，世尊便对诸位药叉大将连声赞叹，并说：「善哉!善哉!药叉大将，你们能够思念着报答那世尊药师琉璃光如来的恩德，你们常常应该如此利益安乐一切有情众生啊!」
这时候，阿难又对佛陀说道：「世尊!应当怎样称呼这个法门呢?我等又应该如何奉持信守这法门呢?」
佛陀告诉阿难说：「此法门的名称就叫做『药师琉璃光如来本愿功德』，又叫『十二神将饶益有情结愿神咒』，又叫『拔除一切业障法门』。你们就应该像我说的这样持守信奉这一法门。」
佛陀说完这番话时，所有的大菩萨和佛身边所有的声闻大弟子，在场同闻佛法的国王、大臣、婆罗门、居士、天、龙、药叉、干达婆(香神或乐神)、阿修罗、迦楼罗(金翅鸟)、紧那罗、摩诃罗迦(大蟒神)、人及非人等等，一切大众，都因为听了佛陀宣说的法音而皆大欢喜，人人无不顶礼膜拜，信受奉行。
